1- ظهور العديد من الأمراض التى تصيب النبات لم تكن موجودة أصلاً و ذلك لأن هذه الأسمدة تسبب رفع نسبة الغضاضة أو الرطوبة فى النباتات فتساعد على سهولة إصابتها بالأمراض كما أن هذه الأسمدة تقلل قدرة النبات على مقاومة الأمراض حيويا
2- الأسراف فى الأسمدة المعدنية يؤدى إلى الحصول على محصول لا طعم له و لا رائحة يحتوى على نسبة عالية من الرطوبة.
3- المحصول الناتج كذلك يحتوى على تركيزعالى من العناصر الضارة مثل النترات و هذا يسبب العديد من الأمراض للأنسان و الحيوان مثل أمراض الكلى و الكبد و تصلب الشرايين و مشاكل أخرى عديدة.
4- الأسراف فى الأسمدة المعدنية يجعل المزارع يستخدم أنواع عديدة من لمبيدات لعدم قدرة النبات على مقاومة الأمراض حيوياً هذه المبيدات يسبب عظمها أمراض سرطانية للإنسان الذى يتغذى على هذه النباتات و خصوصاً الخضروات الطازجة.
5- تلوث المياه الجوفية و المجارى المائية سواء ببقايا الأسمدة المعدنية أو المبيدات و كذلك الأسمدة المعدنية سببت تدهور للأرض الزراعية فى مصر نظراً لأن السماد العضوى فضلاً عنمحتواه من العناصر فهو يبنى خصوبة الأرض و يحافظ عليها و بالطبع هذا غير متوفر فى السماد المعدنى.
6- سببت الأسمدة المعدنية تقلل فرص تصدير المنتج المصرى و الذى كان فى الماضى يطلب من جميع دول العالم نظراً لأن هناك مقاييس معينه للمنتج المصدر أهمها محتواه المعدنى و بقايا المبيدات فيه و بالطبع تحت ظروف إستخدام الأسمدة المعدنية إختلفت هذه المقاييس.
و بالتالى أصبحت هناك أصوات عديدة تنادى بتقليل أو منع الأسمدة المعدنية نهائياً و العودة إلى الإعتماد كلياً على الأسمدة العضوية و الحيوية فى تسميد جميع الحاصلات الزراعية و لكن مع زيادة الأراضى الزراعية و زيادة عدد السكان و التوسع فى المشروعات الزراعية الحديثة واجهت هذه الأصوات مشكلة كبيرة و هى عدم توافر الأسمدة العضوية المتاحة لسد حاجة السوق المصرى حيث نحتاج سنوياً حوالى 100 مليون متر مكعب من الأسمدة العضوية المتوفر فقط حوالى 25 مليون متر مكعب.
